San Pafnuzio di Borov nacque nel 1394 nel villaggio di Kudinovo, non lontano da Borov, e al Battesimo fu chiamato Parfenio. Suo padre Giovanni era figlio di un Tataro battezzato, un «baskak» («esattore delle tasse») di nome Martino, e sua madre si chiamava Fotina. All’età di vent’anni Parfenio lasciò la sua casa e nel 1414 ricevette la tonsura monastica con il nome di Pafnuzio nel Monastero della Protezione di Vyosky presso Borov, sotto il suo igumeno, Marcello. San Pafnuzio lottò per molti anni nel monastero e, quando l’igumeno Marcello morì, i fratelli lo scelsero come suo successore. San Fotio, metropolita di Kiev (2 luglio), lo ordinò sacerdote intorno all’anno 1426.
Il monaco trascorse trent’anni nel Monastero della Protezione, dove fu igumeno, anziano e padre-confessore. All’età di cinquantun anni si ammalò gravemente, rinunciò alla sua posizione di igumeno e ricevette la Grande Schema. Dopo aver recuperato la salute il 23 aprile 1444 (festa del santo grande martire Giorgio il Vittorioso), lasciò il monastero e si stabilì con un monaco sulla riva sinistra del fiume Protva, dove esso incontra il fiume Isterma. Ben presto i fratelli cominciarono a radunarsi presso di lui in questo nuovo luogo, e il numero dei monaci crebbe rapidamente. Fu costruita una nuova chiesa di pietra al posto di quella precedente di legno, in onore della Natività della santissima Theotokos.
I migliori iconografi di quei tempi, Dionisio, Metrofane e i loro assistenti furono invitati ad adornare la chiesa con icone e affreschi. San Pafnuzio fu un esempio per i fratelli, conducendo una vita rigorosa. La sua cella era la più povera di tutte, e sceglieva i bocconi di cibo peggiori. Il lunedì e il venerdì non mangiava nulla, e il mercoledì mangiava soltanto cibo secco. Compié personalmente i lavori più difficili. Tagliava e trasportava la legna da ardere, scavava e coltivava l’orto, tuttavia era sempre il primo ad arrivare alle funzioni in chiesa.
San Pafnuzio si guadagnò il profondo rispetto e l’amore non solo dei fratelli del suo monastero, ma anche di altri monasteri. Per la provvidenza di Dio un giovane di vent’anni, Giovanni Sanin, fu guidato al monastero. Dopo averlo messo alla prova per un certo tempo, Pafnuzio lo tonsurò monaco con il nome di Giuseppe. Più tardi san Giuseppe di Volokolamsk (9 settembre) difese la purezza della fede ortodossa e intraprese la lotta contro l’eresia dei Giudaizzanti, condannata al Concilio del 1504. San Pafnuzio benedisse il giovane nelle sue imprese.
Una settimana prima della sua morte, il santo preannunciò la sua fine. Dopo aver pregato e benedetto i fratelli, si addormentò nel Signore il 1° maggio 1477. San Pafnuzio fu discepolo di san Sergio di Radonezh (25 settembre).
