San Nilo di Stolobensk si addormentò nel Signore il 7 dicembre 1554 (si veda la sua Vita al 7 dicembre).
Molti anni dopo, lo ieromonaco Germanus giunse sull’isola del lago Seliger, dove il santo asceta aveva combattuto la buona lotta, e subito dopo di lui arrivò anche Boris, abitante di collina ed errante. Essi si stabilirono insieme sull’isola e costruirono una chiesa in onore della Teofania, con una cappella dedicata a San Basilio di Mosca (2 agosto).
Sul luogo dove San Nilo aveva compiuto le sue ascesi fu costruito un monastero a lui intitolato. Un’icona di San Nilo fu dipinta dai monaci del monastero di Orshin, e numerosi miracoli di guarigioni di malati iniziarono a verificarsi presso la tomba del santo.
Più tardi, Sant’Ectario, metropolita di Sibirsk e Tobolsk, visse nel monastero, e decise di costruire una chiesa di pietra in sostituzione di quella precedente in legno. Quando furono scavate le fondamenta, la terra franò e mise in luce le reliquie incorrotte di San Nilo. L’Invenzione delle Reliquie avvenne il 27 maggio 1667, e fu istituita una festa in onore di questo evento.
